Yüksek lisans ya da doktora programına başvuracak adayların Bilgisayar Mühendisliği ya da yakın alanlarda Lisans / Yüksek Lisans derecesine sahip olmaları gerekmektedir. Lisans veya Yüksek Lisans derecesini Bilgisayar Mühendisliği alanından farklı bir alanda almış olan adaylar Bilgisayar Mühendisliği Anabilim Dalı ve Enstitü Yönetim Kurulu'nun belirleyeceği Bilimsel Hazırlık Programına katılırlar. Bilimsel Hazırlık Programı için 30 kredi saatinden fazlasını gerektiren adaylar lisansüstü programlara kabul edilmezler. Diğer gerekli şartlar başvuru döneminden önce Fen Bilimleri Enstitüsü tarafından duyurulur.